Şah İsmayıl Səfəvi 1487-ci il iyulun 17-də nüfuzlu azərbaycanlı ailəsində anadan olmuşdur. O, ata tərəfdən Şeyx Səfiəddin nəslindən idi. Şah İsmayılın atası Şeyx Heydər, babası Şeyx Cüneyd olmuşdur. Onun anası Aləmşah bəyim Ağqoyunlu hökmdarı Uzun Həsənin qızı, Sultan Yaqubun bacısı idi. Şah İsmayılın iyirmi beşinci babası Əbülqasım Həmzənin, on beşinci babası Qızılbörk Firuzun qəbirləri Ərdəbil yaxınlığındakı Şeyx-Kəhrəlan kəndində indi də durur. Yerli əhali bu qəbirlərə ziyarətgah kimi baxır.
9 iyul 1488-ci ildə Tabasaranda Şirvanşah qoşunu ilə döyüşdə qızılbaşlar məğlub oldu. Şeyx Heydər isə öldürüldü. Ölümündən sonra, Sultan Yaqub tərəfindən İsmayıl, anası və qardaşları Sultan Əli və İbrahim ilə birlikdə əvvəl erməni monastırı Akdamar qalasında, sonra Şiraz yaxınlığındakı İstəxr qalasında həbs olundu və 5 il burada saxlanıldı.Bir müddətdən sonra Uzun Həsənin nəvəsi Sultan Rüstəm Səfəvilərdən istifadə etmək məqsədi ilə onları həbsdən azad etdirib müstəqil hakim kimi Sultanəlini Ərdəbilə qaytardı. Şeyx Heydərin böyük oğlu Sultan Əli atasının işini davam etdirir və həlak olmazdan əvvəl qardaşı İsmayılı təriqət şeyxi vəzifəsinə varis təyin edildi.Sultan Əlinin və Sultan Rüstəm birləşmiş qüvvələri 1493-cü ildə Baysunquru məğlub etdilər. Geri çəkilmək istəyən Sultan Baysunqur döyüşdə öldürüldü. Sultan Rüstəm əsas rəqibini məğlub etdikdən sonra Səfəvilərə qarşı siyasətini dəyişdi. Ərdəbil yaxınlığı Şəməsi döyüşündə Şeyx Sultan Əli məğlub edildi və öldürüldü.Şeyxin ölümündən sonra sufilər İsmayıl və qardaşı İbrahimə Ərdəbildə gizlənməyə görə kömək etdilər. Onların ardınca Heydərin oğlanlarını hər vasitə ilə tutmaq və məhv etmək tapşırığını almış Eybə Sultanın dəstələri şəhərə daxil oldular. İsmayıl anası Aləmşah bəyimin onu ilk vaxtlar onları gizlətdiyi Şeyx Səfiəddin məqbərəsini tərk edərək, Qazi Əhməd Kakuli adlı səfəvi müridlərindən birinin evinə köçdü və üç gün ərzində orada qaldı. Yeddi yaşlı oğlan Xancan adlı qadının himayəsinə verildi. Qızılbaşlar şeyx İsmayılı və qardaşı İbrahimi Ərdəbildə gizlətdikdən sonra Rəştə, daha sonra isə Lahicana, Gilanın Biyepiş vilayətinin hakimi Gərkiyə Mirzə Əlinin yanına gətirdilər. O, tanınmış alim Şəmsəddin Lahicini ərəb və fars dillərini öyrətmək, quranı oxumaq üçün İsmayılın və qardaşının tərbiyəçisi təyin etdi.